Homo sapiens sapiens: přečteno!
Všechno to nejspíš začalo v roce 1983, kdy laboratoř v Los Alamos a laboratoř Lawrence Livermoore začaly připravovat neobvyklou genetickou knihovnu. „Knihou“ rozumíme virovou částici, kde je část virové DNA nahrazena nějakým úsekem DNA z jiného zdroje. V tomto případě každá „kniha“ obsahovala krátké úseky jednotlivých lidských chromozomů, což je základní krok umožňující sekvencování. Kdo má knihy, chce je číst. A tak tyto dvě laboratoře spolu s řadou dalších institucí a pod záštitou amerického Národního zdravotnického ústavu (NIH) iniciovaly vznik nejdříve americké, a potom mezinárodní organizace, která r. 1990 oficiálně začala sekvencovat lidský genom (viz rámeček dole). Teď je to prý hotové, jenže my dobře víme, že ve skutečnosti není. To, co zatím vzniklo a co NIH spolu s Billem Clintonem za novinářského hromobití 26. června prezentovali veřejnosti, je ve skutečnosti jakási, řekněme, pracovní verze. Ještě to není všechno a ještě to není úplně uspořádané (viz rámeček na následující stránce). V každém případě už se to nedá ignorovat a pomalu začíná být nezbytné něco o tom vědět a něco si o tom myslet.
Přinejmenším někteří politici, lékaři a vědci jsou zřejmě rozhodnuti, že informace získané sekvencováním lidského genomu využijí. Podívejme se tedy, co z toho se asi stane běžnou součástí našeho života, na co si počkají naše děti a co se bude ještě nějakou chvíli objevovat na stránkách sci-fi. Dvě věci je ale třeba zmínit hned. Zaprvé se sekvencováním lidského genomu přišla automatizace biologie. Pokrok experimentální biomedicíny akceleroval podobně jako rozvoj techniky během 2. světové války. Projekt, který měl podle nejsmělejších odhadů trvat přinejmenším 15 let, bude dokončen o 3 roky dříve. Automatické sekvenátory a biočipy jsou nejhmatatelnějším výsledkem tohoto rozvoje. Zadruhé se podařilo zorganizovat a neustále držet pod kontrolou rozsáhlou (nevojenskou) mezinárodní akci, do níž je zapojeno podstatně více lidí a zemí než do jakéhokoliv jiného mezinárodního projektu. HUGO, který začal před 10 lety (jaká neskutečná drzost pustit se do sekvencování lidského genomu pár let poté, co byla příslušná metoda objevena!), ukázal, že lidé se koneckonců mohou domluvit.
- Zaprvé se většinou zřejmě dostaneme do situace, kdy budeme znát přesnou diagnózu, ale nebudeme umět nemoc vyléčit. Hodně nadějí se v tomto případě vkládá do genové terapie. Díky ní by mělo být možné vyměnit v organizmu dospělého člověka poškozený gen za gen funkční. K tomuto přenosu se většinou používají speciálně upravené viry, které mají cíleně napadnout buňky, vnést nový gen a pokud možno zhynout nebo se aspoň dále nerozmnožovat. Metoda může být samozřejmě velmi riskantní, neboť virové částice použité jako transportéry genů nemusí vždy dělat to, co si my lidé přejeme. Mohou například nečekaně rekombinovat s nějakým virem, který už byl v organizmu přítomen, a vytvořit novou kombinaci s novými a hodně smrtelnými následky. Na rozpracování a uvedení do praxe se podílí řada týmů - a za 10 let klinických zkoušek (možných pouze za velmi přísných podmínek a s naprostým souhlasem pacienta) je znám přesně jeden případ, kdy to fungovalo. A (přinejmenším oficiálně) žádný případ úniku nového nekontrolovatelného viru - to pro útěchu.
- Zadruhé když máte poškozený gen, tak ho má zřejmě poškozený také váš syn a vaše babička a také teta z druhého kolene prostě proto, že jste ho od nějakého vašeho předka nejspíš zdědili (některé mutace samozřejmě mohou vzniknout nově). Čili vaše diagnóza může změnit život i těch lidí, kteří by se nikdy testovat nenechali, anebo těch, u nichž se nemoc z dosud neznámých důvodů vůbec nerozvine, ale kteří možná prožijí zbytek života ve strachu, že od zítřka budou nemocní.
- Zatřetí: Přestože shoda genomů lidských jedinců je podle odhadů více než 99%, to necelé jedno procento odlišností pořád ještě znamená 30 000 000 odlišných písmenek na jedince. Ne všechny tyto odlišnosti však znamenají změnu funkce. To, že se některý gen liší od světového standardu, nemusí znamenat, že dává vznik nefunkčnímu proteinu. 1)
Tohle se dá samozřejmě vyřešit, když budeme znát všechny mutace všech genů a funkce všech proteinů, které jsou pro zdraví a život člověka důležité. Bohužel existuje něco, čemu se říká alternativní sestřih, a v podstatě to znamená, že z jednoho genu může vzniknout více než jeden typ bílkoviny - v jednom extrémním případě až 30 000. Takže my musíme nejenom najít všechny škodlivé mutace, přiřadit bílkoviny k příslušným genům a k bílkovinám příslušnou funkci, ale musíme také zjistit všechny verze každé bílkoviny. To je ovšem, jak jistě uznáte, běh na hodně dlouhé trati.
Molekulární farmakologie ovšem nabízí skutečně atraktivní možnosti, a to výrobu léků přesně na kůži, respektive na genom, každému konkrétnímu nemocnému. Můžou vám být do těla vnášeny přesně vyrobené protilátky ideálně vhodné pro váš organizmus. Také bude možné zpřesnit výběr terapie. Některé rakovinné nádory jsou totiž rezistentní k určitým chemoterapiím, což se ovšem nedá poznat od oka. Můžeme však určit „molekulární“ typ nádoru a rozhodnout včas, kterou terapii má smysl použít.
Forenzní analýzy nejsou pouze k hledání pachatelů, určování otcovství nebo identifikaci obětí po přírodní katastrofě. S jejich pomocí lze také najít ideálního dárce orgánu po transplantace. Musíme jenom zjistit, které oblasti genomu o vhodnosti dárce vypovídají nejlépe, a ty pro každou transplantaci otestovat. Riziko odmítnutí štěpu pak bude minimální. 4)
Ať je to jak chce, co se ví, nedá se zapomenout. Postoj typu „to se nemělo vůbec dělat“ není k ničemu. Měli bychom si rychle zvyknout, že nejdramatičtější změny života každého jednotlivce přinese v příštím století biologie či biomedicína. Měli bychom se naučit tomu rozumět a připravit se na to. Legislativně, eticky, společensky i filozoficky. Možná ty změny nepřijdou zítra, ale i tak to bude hodně rychle.
Poznámky
Rozsáhlý (člověku se skoro chce říct megalomanský) projekt přečtení lidského genomu by vůbec nebyl myslitelný bez počítačů a téměř naprosté automatizace, ani bez dobré spolupráce řady organizací. Mezi nimi je třeba zmínit předně HGP (Human Genome Project), což je mezinárodní organizace (sdružující spoustu dalších menších skupin, laboratoří a institutů) se sídlem v Baltimore. Jejím úkolem bylo již od počátku sekvencování genomu člověka a jiných vybraných organizmů. Dalším důležitým článkem je HUGO, organizace sdružující pracovníky sekvencující nejen lidský, ale i jiné genomy, a samozřejmě americký NIH (National Institute of Health) a DOE (U. S. Department of Energy), které tuto legraci z velké části financují. Velmi důležitou roli také sehrála soukromá firma Celera Genomics, založená v roce 1998 J. C. Venterem z mezinárodní organizace TIGR (The Institute for Genome Research) ve spolupráci se zavedenou firmou Perkin-Elmer - Applied Biosystem Division za účelem zrychlení v té době poněkud stagnujícího mezinárodního projektu sekvencování lidského genomu (což se jí povedlo tak dokonale, že dosažení cíle ohlásila letos o tři měsíce dřív než oficiální HGP).
V roce 1990 byly hlavní cíle projektu určeny následovně:
- identifikovat všech zhruba 100 000 genů lidského genomu,
- určit kompletní pořadí sekvencí odhadovaných tří miliard nukleotidů, které tvoří lidský genom,
- všechna získaná data bezpečným a rozumně využitelným způsobem uložit, vypracovat metody pro jejich analýzu,
- umožnit využití získaných dat i technologií ve veřejném i soukromém sektoru,
- zabývat se řešením etických, legálních a společenských otázek, které vznikají v souvislosti s projektem sekvencování lidského genomu.
Více (velmi zajímavých) informací najdete na adrese www.ornl.gov.
Pokud je přečtení lidského genomu vůbec triumfem, pak je zejména triumfem organizačním a technickým. Sekvencování celého lidského genomu totiž není vůbec nic jednoduchého. Problém není v metodě, pro sekvencování byla použita standardní Sangerova metoda (viz Vesmír 77, 512, 1998/9). Hlavní obtíž spočívá v rozsahu čteného: 3 000 000 000 písmenek! Tím spíš, že najednou lze přečíst vždy jen malý (opravdu malý!) kousek. Jak to tedy udělali?
Představte si, že chcete přečíst větu Tak dlouho se chodí se džbánem pro vodu, až se ucho utrhne, ale neznáte jazyk, nemůžete se domýšlet a umíte přečíst vždy jenom pár znaků (mezera je také znak) za sebou. Celý text se rozdělí na malé úseky, náhodně a v mnoha kopiích. Získáte například:
e chod louho ž se u
vod o se hodí
e džb trhn í se d
trhn hne. ak dl
u, a až s dlou
vod ro vo u, a
Takhle pokračujete, až máte spoustu úseků. Každý zvlášť přečtete, ale to, co získáte, nedává mnoho smyslu. Na počítači vyhledáte překrývající se oblasti (např. trhn a hne.), seřadíte z toho kratší úseky, a nakonec příslušnou větu. Někdy se stane, že některé oblasti chybějí i přesto, že jste si připravili celou spoustu těch kratičkých úseků. Chybějící části se potom cíleně dohledávají a sekvencují samostatně. A teď si představte, že lidský genom je text 52 632 000 krát delší než uvedená věta. Bez počítačů a automatických sekvenátorů by to rozhodně nebylo možné.
Sekvencováno je 97 % genomu člověka - zatím byly vynechány oblasti s repeticemi, tedy části, kde se milionkrát opakuje jedno slovo. Kompletně uspořádán a publikován je pouze chromozom 21, to je nejmenší lidský chromozom. Zhruba uspořádány jsou další tři chromozomy. Zbytek musí teprve projít fází seskládání. Podle sdělení HPG bude tato fáze dokončena nejpozději r. 2003.

















